Comment soumettre une communications à JOBIM 2023
❗Nous vous recommandons de bien lire ces instructions car le processus d’évaluation de JOBIM inclut deux nouveautés : l’utilisation de sciencesconf.org à la place de easychair, et la soumission conjointe à JOBIM et PCI❗
À l'interface de la biologie, de l’informatique, des mathématiques et de la physique, JOBIM est l’événement annuel qui fédère la communauté et les acteurs de la bioinformatique française. Tous les domaines de la bioinformatique au sens large du terme sont les bienvenus.
Pour cette édition, les communications seront structurées autour de 9 thématiques :
- Algorithmes & structures de données pour les séquences
- Représentation des connaissances, bases de données & visualisation
- Evolution, phylogénie & génomique comparée
- Génomique fonctionnelle et intégrative
- Métagénomique, métatranscriptomique & écosystèmes microbiens
- Bioinformatique structurale & protéomique
- Statistiques, apprentissage, intelligence artificielle & analyse d'image
- Biologie des systèmes & métabolomique
- Workflow, reproductibilité & science ouverte
Nouveauté : Pour la première fois, cette année, nous offrons aux auteurs la possibilité de faire une soumission conjointe à JOBIM et à Peer Community In (PCI), et plus précisément et plus précisément à PCI Genomics ou PCI Mathematical and Computational Biology. Ainsi, le Comité de Programme souhaite renforcer ses liens avec PCI, pour des résultats de recherche open access et gratuits. Si vous voulez en savoir plus sur l’initiative PCI, n’hésitez pas à aller sur les sites Web correspondants, ou voir une petite vidéo explicative.
Quatre catégories de soumission sont proposées pour les communications orales, ainsi que trois pour les posters.
Communications orales :
- Proceedings + PCI : un article original (travaux non publiés). Le comité éditorial décidera si l’article est accepté à JOBIM. Les auteurs seront alors invités à soumettre en parallèle à PCI Genomics ou PCI Math Comp Biol. En cas d’acceptation/recommandation par l’une ou l’autre de ces PCI, les auteurs pourront publier leur article directement, en accès libre et sans frais dans Peer Community Journal (voir la procédure détaillée ci-après).
- Proceedings : un article original entre 4 et 8 pages (travaux non publiés, la soumission simultanée ou ultérieure à un journal ou une autre conférence est autorisée).
- Highlight : un résumé d'une page d'un article publié après le 1er janvier 2022.
- Activités de plateformes et services : un résumé d'une à deux pages.
La clôture des soumissions pour les communications orales sera le 24 mars.
Posters :
- Poster “recherche” : présentation de résultats scientifiques, récents ou en cours, publiés ou non;
- Poster “plateforme” : présentation d’activités de plateformes et services;
- Poster “réseaux” : présentation de réseaux collaboratifs, groupes de travail ou associations.
La clôture des soumissions pour les posters sera le 10 mai. Aucun dépôt ne sera accepté passé cette date.
Consignes à respecter lors des soumissions :
Pour chacun de ces types de communication, veuillez vous connecter sur le site web JOBIM2023 et dans votre espace connecté, cliquez sur « Mes Dépôts ».
La soumission se fait en 4 étapes :
1 – Métadonnées
Pour tout type de soumission, merci de renseigner le titre et le résumé (un ou deux paragraphes environ, de type “Abstract”) en anglais, ainsi que le type de soumission que vous proposez, la thématique associée et une liste de mots clefs.
De plus, dans le champ « commentaire » veillez à nous indiquer :
- le site JOBIM2023 sur lequel vous pensez vous rendre (choix possible : Nancy, Nice, Point-à-Pitre, Plouzané, Tours, distanciel) afin de nous permettre d’évaluer correctement les besoins en termes d’espace et de matériel pour chacun des sites.
- si vous souhaitez participer au prix de la meilleure présentation orale ou du meilleur poster présenté par un.e jeune scientifique (stage, thèse, post-doc, ingénieur en CDD; conditions d’éligibilité : https://www.sfbi.fr/blog/article/prix-sfbi).
- Dans le cas d'une soumission Proceedings + PCI, veuillez préciser ici le choix de la revue PCI parmi PCI Genomics ou PCI Mathematical and Computational Biology.
2 - Auteur(s)
Vous devez renseigner ici les différents auteurs ainsi que leurs affiliations.
Merci de bien indiquer l’auteur correspondant ainsi que l’intervenant afin que nous puissions l’identifier correctement pour les prix des meilleures communications orale et posters(par défaut le premier auteur est considéré comme l’intervenant, ceci peut-être modifié en cliquant sur l’icône crayon à droite de l’auteur dans le champ « action »).
3 – Fichier(s)
Le type de fichier à déposer varie en fonction du type de dépôt, merci de respecter les consignes suivantes :
Pour tout type de poster (“recherche”, “plateforme” et “réseaux”) :
Dans tous les cas, la soumission d’un poster ou démo consistera en un résumé d’une page maximum, en Français ou en Anglais.
Pour les communications orales :
- Proceedings + PCI : un article original déposé sur une plateforme (travaux non publiés). Les détails de cette procédure de soumission sont détaillées ci-après.
- Proceedings : un article original entre 4 et 8 pages (travaux non publiés, la soumission simultanée ou ultérieure à un journal ou une autre conférence est autorisée).
- Highlight : un résumé d'une page d'un article publié après le 1er janvier 2021.
- Activités de plateformes et services : un résumé d'une à deux pages.
Gabarits :
Toutes les soumissions sont attendues sous la forme d'un fichier PDF. Pour les soumissions conjointes Proceedings + PCI, les gabarits sont disponibles sur https://osf.io/hfdjc (veuillez choisir la template “thematic PCI”). Pour toutes les autres soumissions, veuillez utiliser les templates correspondants de LaTeX (.tex), Open Office (.odt) ou Word (.docx), disponible ici : Templates_JOBIM2023.tar.gz. Il est possible d'utiliser le style (.csl) IEEE pour formater les références.
Protocole pour la soumission conjointe JOBIM + PCI :
- Les auteurs soumettent leur article à JOBIM en utilisant l'option “proceedings + PCI”. Même si ce n’est pas nécessaire, nous encourageons les auteurs à déposer leur manuscrit dans une archive ouverte dès cette étape afin d'accélérer le transfert à PCI en cas d'acceptation.
- La PCI cible (PCI Genomics ou PCI Math Comp Biol) doit être renseignée dans les commentaires.
- L’évaluation suit la procédure classique, et le Comité Editorial (CE) de JOBIM décide si l’article est accepté à JOBIM.
- Si l’article n’est pas accepté, les auteurs ont toujours la possibilité de continuer la soumission à la PCI de leur choix. Cette soumission suit alors son cours comme une soumission normale et donc sans lien avec JOBIM.
- Si l'article est accepté aux JOBIM, les auteurs sont informés et cette décion et contactés afin de déposer – si ce n'est pas déjà fait – leur article sur un site de “preprint”, tel que HAL, arXiv, ou bioRxiv (version identique à celle évaluée par le CE de JOBIM).
- Les auteurs soumettent à PCI Genomics ou PCI Math Comp Biol en fonction de ce qu'ils ont indiqué en commentaire.
- Les évaluations du CE de JOBIM sont transmises à PCI.
- PCI décide d’accepter/recommander ou pas l’article, en se basant sur les évaluations du CE de JOBIM.
- En cas d'acceptation/recommandation par PCI, les auteurs peuvent le publier directement, gratuitement et en accès libre dans Peer Community Journal.
4 – Récapitulatif
Vérifiez que tout est en ordre et cliquez sur « Déposer » pour valider votre soumission. Vous recevrez alors un e-mail de confirmation.
